Annecy, préfecture de la Haute-Savoie, est un lieu central du département pendant la guerre. La ville accueille le maréchal Pétain le 23 septembre 1941. A Annecy, se trouvent dès 1941-42, résistants, pétainistes, soldats italiens (jusqu’en 1943) puis allemands à partir de la capitulation italienne en 1943. Dans ce contexte, les contrôles et arrestations se multiplient. C’est notamment le cas pour Flora et Jean-Marie Saulnier, membres du mouvement Combat, qui tiennent l’Auberge du Lyonnais, plaque tournante de la Résistance. Au cours de l’année 1943, Jean-Marie Saulnier doit se faire de plus en plus discret à Annecy, la Gestapo accentuant ses actions. Quelques jours avant Noël 1943, plusieurs arrestations ont lieu, dont celle de Flora Saulnier. Internée, elle est déportée à Ravensbrück.
Au printemps 1944, Annecy possède sur son territoire pas moins de 13 lieux de détention (comme l’école Saint-François, l’Intendance, la prison d’Annecy, ou encore la villa des Marquisats, le bateau France…).
Le 4 novembre 1944, la ville libérée depuis le 19 août, accueille triomphalement le général de Gaulle.